Algajola constitue la plus petite des trois cités littorales de Balagne, entre Calvi et L’Ile-Rousse. Bâtie à l’emplacement d’une ancienne cité phénicienne (Argha), c’était l’ancienne résidence du gouverneur génois, dépendant de Calvi. Elle fut prise et saccagée par les Ottomans en 1643. Gênes la fit fortifier en 1664. Son château fut la résidence du Gouverneur de Balagne pour Gênes jusqu’en 1764.
A l’ouest, le petit port de San Damiano était autrefois un port romain abrité des fréquents et forts coups de vent de nord à ouest. Il sera abandonné après leur départ au VIème siècle et ce jusqu’au XIIème siècle, époque qui verra la construction d’une tour de défense. Dès lors, les activités commerciales et de pêche reprennent. En 1620, le port devient le second port de l’île ! Aujourd’hui, Algajola possède un petit port de pêche sans activité à l’année.